Skozi stoletja je del Katoliške cerkve vse bolj pozabljal na širjenje Kristusovega nauka med ljudstvo in življenje po njem. Večala so se nasprotja med duhovniki, ki so sledili nauku, in nekaterimi visokimi duhovniki. Ti so živeli obdani s svojim dvorom, v bogato opremljenih palačah. Širila se je simonija, do dobro plačanih služb so prihajali ljudje, ki jim je bilo versko poslanstvo zadnja skrb. Mnogi duhovniki so živeli poklicu neprimerno življenje. Številni nižji duhovniki, ki so delovali med ljudmi, so bili pomanjkljivo izobraženi. Kritika neurejenih razmer je dosegla vrhunec z nastopom nemškega duhovnika Martina Luthra.

Martin Luther opozori na napake Cerkve
31. 10. 1517 je Martin Luther objavil 95 točk (tez). Menil je, da človek odrešitve ne more doseči z dobrimi deli, ampak le z vero. Verniki bi morali spoznavati pravo vero z branjem Biblije. Obsodil je nepravilnosti v Rimskokatoliški cerkvi, predvsem prodajo odpustkov, neprimerno življenje duhovščine, prodajo cerkvenih položajev. Ob obisku Rima nekaj let prej je bil Luther ogorčen zaradi bogastva in pozabljenih idealov prvotnega krščanstva. Najbolj ga je motilo, da je papež sklenil denar za prezidavo Petrove cerkve v Rimu dobiti s prodajo odpustkov. Papež se s kritiko ni strinjal in je Luthra izobčil. Papeževo dejanje so potrdili na državnem zboru rimsko-nemškega cesarstva v Wormsu, ki ga je sklical cesar Karel V.  Friderik Modri, saški vladar, je Luthra vzel v varstvo in ga skril na svojem gradu. Tam je Luther prevajal Biblijo v nemščino, kajti ena od njegovih tez je bila, da mora vsakdo sam iskati Boga. Posredništvo duhovnika med Bogom in vernikom je nepotrebno, vernik naj se ravna po Svetem pismu. Zato je potrebno, da lahko tudi manj izobraženi ljudje berejo Biblijo v svojem, maternem jeziku.

Reformacija
Luthrova kritika je naletela na odprta ušesa vseh slojev prebivalstva. V njegovih naukih so našli možnosti, da verski boj povežejo z drugimi zahtevami. Prebivalci najnižjih slojev so upali, da bodo z reformacijo dobili pravo krščansko ureditev, kjer bodo vsi ljudje enaki, da bo odpravljeno podložništvo (tlaka, dajatve). Meščanstvo in plemstvo sta v reformaciji videla možnost, da okrepita svojo moč nasproti katoliškemu vladarju ter možnost, da se polastijo cerkvenega premoženja.

Velika nemška kmečka vojna
Luthrove nauke so za svoje vzeli tudi nemški kmetje. Kmetje so nauk Martina Luthra razumeli kot da je vsakdo svoboden, da ne bodo več podložni. V dvanajstih točkah so zapisali svoje zahteve (zmanjšanje desetine, svoboden lov in ribolov, skupna posest gozdov, pravica, da sami volijo in odstavljajo župnike) in njihovo uresničitev podprli z orožjem. Leta 1525 je pod vodstvom Thomasa Münzerja izbruhnila velika kmečka vojna. V nekaterih delih države so se kmetom pridružili tudi trgovci in obrtniki. Toda nemški reformator Luther ni podprl zahtev kmetov. V spisu je pozval plemstvo, naj stre uporne kmete, saj je njihov upor pomenil nasprotovanje "od Boga postavljeni oblasti". Upor so zadušili, voditelje pa usmrtili.
 
Augsburški verski mir (1555)
Katoliški in posvetni veljaki so videli, da se bodo morali dogovoriti s protestanti. Nezadovoljstvo ljudi z razmerami v Katoliški cerkvi je bilo veliko, nova vera pa je bila privlačna. V Augsburgu so cesar Karel V. in državni stanovi  leta 1555 sklenili augsburški verski mir. Z njim so končali verske boje reformacije in  priznali novo vero - protestantizem. Državni knezi so imeli pravico, da izberejo veroizpoved za podložnike. Mir je uveljavil načelo "Čigar dežela, tega vera!" (Cuius regio — eius religio). Če podložniki niso izbrali iste veroizpovedi kot njihov gospod, so se morali izseliti. Marsikje so vladarji in fevdalci z uvedbo protestantizma utrjevali svojo oblast. Enako je veljalo tudi pozneje, v času katoliške obnove.