Z njim ugotavljamo predvsem različne poškodbe kromosomov, ki so posledica vnosa strupenih snovi v okolje oziroma v vodo. Sam test je še natančnejši in občutljivejši od anafazno-telofaznega.

S kondenzacijo kromatina v metafazi mitoze se oblikujejo metafazni kromosomi. Nekatere snovi, ki jim pravimo citostatiki (npr. kolhicin ali pa 8-hidroksi quinolin), lahko v metafazi blokirajo celično delitev. Takrat so kromosomi in njihove poškodbe tudi najlepše vidne. Morebitne poškodbe kromosomov pokažejo zelo jasno sliko o vsebnosti genotoksičnih snovi.

Navadna čebula (Allium cepa L.) ima 16 kromosomov oziroma 8 parov kromosomov. Razlikujejo se po velikosti in obliki.	Kromosom sestavljata dve vzporedno potekajoči kromatidi (obarvani modro in vijoličasto). Kromosom ima tudi centromer, ki ga deli v daljši krak (obarvan rumeno) in krajši krak (obarvan vijoličasto).

Glede na lego centromera ločimo več tipov kromosomov. Kromosomska kraka sta lahko enako dolga, ali pa je en daljši in drugi krajši.

Pri metafaznem testu lahko sledimo poškodbam na kromatidah ali pa na celotnem kromosomu. Tako ločimo: enojni lom kromatide, dvojni lom kromatide, špranjasti lom, lom v centromeru, krožni kromosom in še številne druge. Čim večja je genotoksičnost tem več je poškodovanih kromosomov v celici. Na enem kromosomu se lahko pojavi tudi več različnih poškodb.